Święcenia diakonatu przyjął 22 marca 1903 roku w katedrze p.w. Matki Bożej Wniebowziętej i św. Kasjana w Bressanone z rąk biskupa Simona Aichner. Był jedynym Polakiem i salezjaninem w gronie subdiakonów, należących do różnych zgromadzeń i duchowieństwa diecezjalnego.

Po 22 dniach od przyjęcia święceń diakonatu, Jan Szlachta został wyświęcony na kapłana przez biskupa Lorenzo Petrisa. Święcenia odbyły się w Wielką Sobotę dnia 11 kwietnia, w kościele seminaryjnym w Trydencie. Znalazł się w grupie sześciu diakonów, jako jedyny Polak i zrazem jedyny salezjanin. W dokumentach kierujących do święceń znajduje się podpis bł. ks. Michała Rua.

Na obrazku prymicyjnym zamieścił ks. Jan Szlachta słowa z psalmu 141: „Wołałem ku Tobie, Panie, rzekłem: Tyś jest nadzieja moja, cząstka moja w ziemi żyjących.” Mszę św. prymicyjną odprawił w Niedzielę Zmartwychwstania, 4 kwietnia 1903 roku w Trydencie.