Ks. Jan Szlachta opuścił miasto Gorycję i w miesiącach letnich 1913 roku wrócił do Ojczyzny będącej nadal pod zaborami. Został przez władze salezjańskie skierowany do Krakowa.

W 1846 roku Kraków włączono w skład zaboru austriackiego. Utworzono Wielkie Księstwo Krakowskie, które nie stanowiło odrębnego bytu państwowego, jak niegdyś Wolne Miasto Kraków, lecz było politycznie częścią Austrii.

Zatem po opuszczeniu Gorycji i udaniu się do Krakowa, ciągle przebywał w granicach tworu państwowego, jakim były Austro-Węgry. Otrzymał posługę spowiednika w Instytucie Wychowawczym pw. Matki Bożej Wspomożenia Wiernych.

Książkę Aleksander Lubomirski ufundował w 1885 roku w Krakowie przy ul. Rakowickiej schronisko dla opuszczonej, zaniedbanej i źle prowadzącej się młodzieży, w którym mieli zdobywać kwalifikacje zawodowe i stosowne wykształcenie. Określił również nazwę, która miała funkcjonować jako „Schronisko fundacji księcia Aleksandra Lubomirskiego.” Po prawie trzy letnim okresie budowy na 7 hektarowym terenie ogrodu, powstały budynki mieszkalne, administracyjne  wraz z kaplicą oraz przeznaczone na żywy inwentarz.  Zgromadzenie Salezjańskie z dniem 1 września 1911 roku przejęło administrację Schroniska.

Pod koniec czerwca 1914 roku rozpoczęły się problemy zdrowotne ks. Szlachty. Udał się w porze wakacyjnej na wypoczynek do domu rodzinnego w Jankowie Zaleśnym. Żyła wtedy jeszcze jego mama licząca 72 lata. Podczas wakacji wybuchła 28 lipca 1914 roku I wojna światowa.

Wybuch wojny, problemy zdrowotne i być może trudność powrotu w tym czasie z zaboru pruskiego do austriackiego, spowodowały, że pozostał w Wielkopolsce.