Posługa w Archidiecezji Poznańskiej

Wybuch I wojny światowej uniemożliwił powrót do Krakowa. Prymas Edward Likowski skierował go do pracy w Zakładzie p.w. św. Łazarza na Górczynie w Poznaniu przy ul. Hellmanna. (Dziś ul. Sielska 13). Posługę wśród nieuleczalnie chorych i zarazem kapelana sióstr szarytek pełnił do 1917 roku.

Po 4 latach został skierowany w 1917 roku do pomocy w parafii p.w. św. Andrzeja w Golinie na zastępstwo proboszcza ks. Szczepana Toboły, który z powodów zdrowotnych przebywał na częstym i długim leczeniu.

Po powrocie do zdrowia ks. Toboły, po dwóch latach zastępstwa w 1919 roku ks. Jan Szlachta opuścił Golinę, obejmując stanowisko wikariusza i prefekta  w parafii p.w. św. Jadwigi w Grodzisku Wielkopolskim. Trafił na wikariat, gdzie proboszczem był ks. Tadeusz Styczyński.

W Grodzisku Wlkp. pracował jako prefekt w Państwowej Szkole Wydziałowej.

W 1921 roku trafił ponownie do Poznania. Został mianowany rezydentem w parafii p.w. Bożego Ciała w której proboszczem był dziekan poznański ks. Leon Rankowski.

Pobyt ks. Szlachty w Poznaniu nie ograniczał się wyłącznie do posługi w parafii. Podejmował w tym czasie wiele innych zadań. Jednym z nich była rola spowiednika oraz kapelana sióstr Elżbietanek w klasztorze przy ul. Łąkowej 1.

Posługiwał pod zarządem siostry Hildegardy  Stefańskiej. W 1919 roku otwarto także nowicjat, w którym, aż do 1929 roku ks. Szlachta pełnił posługę spowiednika.

Od 1921 roku do 1929 roku pracował również jako prefekt w liceum, a następnie w gimnazjum żeńskim p.w. Najświętszego Serca Pana Jezusa.