W uroczystość Matki Bożej Częstochowskiej dnia 26 sierpnia 1940 roku został aresztowany z rozkazu Gestapo rejencji inowrocławskiej. Wraz z innymi kapłanami przewieziony samochodem ciężarowym do obozu przejściowego w Szczeglinie koło Mogilna, gdzie przebywał zaledwie parę dni.

29 sierpnia 1940 roku przybył transportem kolejowym do KL Sachsenhausen gdzie pozostał do 14 grudnia.  Otrzymał numer obozowy 30078.

Na powitanie transportu więźniów przybyli esesmani i starsi blokowi, którzy zabierali księżom wszystkie przywiezione rzeczy. Zanim starszy blokowy udzielił im odpowiednich instrukcji i przydzielił izbę, legowisko, blaszanki i łyżki, upłynęło sporo czasu. Wszyscy stali na baczność, w milczeniu, z rękami przylegającymi do łatanych ubrań.

Kapłanów umieszczono w dwóch blokach stojących naprzeciw siebie. Wprowadzono zakaz rozmowy między sobą przy spotkaniach, którego złamanie groziło śmiercią. Program dnia był nastawiony, aby wykończyć możliwie najwięcej skazanych w najkrótszym czasie. Składało się no to wczesne wstawanie, niemal jeszcze w nocy, bicie i szykany już w łaźni przy myciu, wypędzanie na godzinę przed zbiórka na ulicę bez względu na stan pogody, wyżywienie, którego kaloryczna wartość nie odpowiadała najskromniejszym wymaganiom do podtrzymywania życia, ciężka praca, krwawe sporty, nieludzkie kary, bicie ze strony personelu, brak jakichkolwiek lekarstw. Każdy dzień przynosił godziny musztry, ćwiczeń, maszerowania, biegania, kulania się po ziemi, godziny śpiewu faszystowskich piosenek czy wykuwania regulaminu obozowego. Gdy u kogoś znaleziono wszy, wystawiano przed barak, zlewano wodą, a ubranie zostawało posyłane do odwszalni. Więzień przesiadywał rozebrany na mrozie, co było powodem częstych chorób płuc. Przed barakiem każdego poranka wystawiano stosy ludzi, którzy zmarli w nocy. W sierpniu 1940 roku przeniesiono kapłanów z Polski z baraku nr 56 na baraki nr 16 i nr 17. Oba wyposażone w trzypiętrowe drewniane prycze z siennikami.

W trakcie dnia zatrudniani byli do noszenia cegieł i pni opałowych, do dźwigania ciężkiego budulca, do wożenia węgla i ziemi, do sprzątania wokoło esesmańskich koszar. W październiku, gdy dni stawały się coraz chłodniejsze, księża, często w deszczu zostawali zatrudnieni do noszenia darni, z łąki oddalonej kilka kilometrów od obozu. Każdy musiał dźwigać po dwie fafle darni o wymiarach około 50 na 50 centymetrów. Nosili je na głowach, co z jednej strony chroniło od deszczu, a z drugiej powodowało, że błoto dostawało się do oczu, do uszu i ust.

Dnia 12 grudnia 1940 roku zapędzono wszystkich księży na plac apelowy. Każdy otrzymał inne, używane drewniane pantofle na nogi i po kawałku gliniastego chleba. Padła komenda ruszenia na stację kolejową. Tego dnia był silny mróz i obficie padał śnieg. Około południa opuścili plac apelowy, maszerując ponad godzinę w stronę dworca. Zapakowani do wagonów, wyruszyli w stronę południa Niemiec. Pociąg nie zatrzymywał się na żadnej z mijanych stacji.

14 grudnia 1940 roku trafił do KL Dachau. Otrzymał numer obozowy 22349.

Wysiadając na stacji mijali oczekujących na pociąg niemieckich turystów, z nartami, którzy udawali się na wypoczynek w góry. Esesmani z karabinami gotowymi do strzału, poganiali księży po zaśnieżonej drodze. Musieli zdjąć drewniaki i biec w samych skarpetach kilka kilometrów. Ci, którzy upadali, byli kopani i bici. To pośpieszne zapędzanie do obozu było co chwilę przerywane okrzykami: „przeklęta święta przesyłka” oraz „biegiem psy.” Obóz był otoczony wysokim murem wraz z drutami kolczastymi, podłączonymi do linii wysokiego napięcia. Obok znajdował się pas drutów kolczastych  oraz głęboka, wybetonowana fosa. Na terenie obozu znajdowały się 34 bloki. Dla kapłanów przeznaczono blok 28 i 30, w których przetrzymywano około 1000 księży, w tym mniej więcej 800 katolickich. Pozostałą grupę stanowili klerycy, pastorzy i duchowni innych wyznań. Byli to w większości księża w wieku od 27 do 50 lat.

Ksiądz dziekan Jan Szlachta należał do wyjątku. Był jednym z najstarszych księży zamkniętych w „koszarach śmierci”. Liczył 62 lat. Tutaj z powodu starszego wieku był szczególnie gnębiony i dręczony przez blokowego nazistę – Ryszarda. Często był wystawiany przed barak w porze zimowej i w mrozie na kilka godzin w obozowym lichym ubraniu, bez nakrycia głowy. Poza tym dokuczały mu bardzo wrzody, które z powodu nędznego jedzenia nie chciały się goić. Pomimo starszego wieku, słabego zdrowia, trzymał się dzielnie, a nawet dla innych był wsparciem. To od niego młodzi, uwięzieni kapłani otrzymywali pocieszenie i umocnienie na duchu.

Śmiertelność w blokach kapłańskich była duża. Co dzień wynoszono kilku lub nawet kilkunastu zmarłych do krematorium. Dni w KL Dachau upływały jednakowo. Zimą zapędzano księży do sprzątania śniegu na terenie obozu. Obowiązkowym zadaniem każdego dnia było noszenie trzy razy dziennie kotłów z kuchni obozowej do poszczególnych bloków. Przypadkowe wylanie jedzenia z powodu poślizgnięcia się w drewnianych butach lub z powodu zasłabnięcia, było karane biciem i dniem głodu. Inną pracą było przenoszenie obozowego sprzętu, roznoszenie odzieży z pralni, porządkowanie esesmańskich dziedzińców i dróg wokół obozu. Dodatkowym cierpieniem były długie apele i wystawanie na baczność bądź to na mrozie, bądź w upale. Nie można było ruszyć nawet ustami, a za znalezienie różańca lub krzyżyka groziła śmierć. Wielu księży poddawano eksperymentom medycznym, testując różne leki czy metody operacji. Najbardziej wyczerpująca była praca na plantacji rzadkich ziół leczniczych. Kapłanów zaciągano do pługów, bron, siewników, walców i innych maszyn rolniczych oraz do przenoszenia ziemi w blaszanych wiadrach, przeprowadzania drenów, kopania i grabienia.

29 czerwca 1941 roku wycieńczony nadludzką pracą i skutkami choroby trafił do rewiru chorych, gdzie przeprowadzano pseudomedyczne eksperymenty.

Po 74 dniach męczarni w obozowym rewirze, doświadczając braku opieki, wyżywienia, poddawany okrucieństwu oprawców, odszedł w cichości z tego świata dnia 11 września 1941 roku. Następnego dnia jego ciało zostało spalone w miejscowym krematorium.

Rodzina mieszkająca w Dortmundzie, poprosiła o prochy Dziekana. Po ich otrzymaniu urządzono pogrzeb, chowając ks. Jana na miejscowym cmentarzu Hauptfriedhop.