Posługa w Archidiecezji Gnieźnieńskiej

Dnia 1 lipca 1929 roku ks. Jan Szlachta został skierowany przez prymasa Hlonda na probostwo w Niechanowie, po ks. Maksymilianie Mrugasie, który poszedł na probostwo do Czerniejewa.

Zapoczątkował w parafii liczne stowarzyszenia i bractwa, które cieszyły się sporą liczbą członków. Prowadził duszpasterstwo: Młodych Polek, Koła Włościanek, Papieskiego Dzieła Rozkrzewiania Wiary, Arcybractwa Matek Chrześcijańskich, Akcji Katolickiej, Katolickiego Stowarzyszenia Robotników Polskich, Stowarzyszenia Młodzieży Żeńskiej, Stowarzyszenia Młodzieży Męskiej, Kołka Rolniczego, Róż różańcowych matek, ojców, panien i młodzieńców. Zebrania poszczególnych grup odbywały się kolejno każdej niedzieli po sumie. Połączone były z tematyczną katechezą i wspólnotową modlitwą. Bardzo często z okazji różnych uroczystości, Stowarzyszenia organizowały prelekcje, występy, zabawy lub wyjazdy.

Kładł ogromny nacisk na życie sakramentalne. Przez zaledwie 12 lat posługi proboszczowskiej, zorganizował dwie Misje Święte. Pierwsze odbywały się w dniach od 5 do 12 lipca 1931 roku, a drugie w dniach 31 października do 8 listopada 1937 roku. W zapowiadaniu Misji prosił wszystkich parafian, o czynny udział, a pracodawców o zwalnianie pracowników na czas trwania nauk. W podsumowaniu Misji żywił wdzięczność wobec powierzonej wspólnoty za zaangażowanie w duchowe ćwiczenia oraz wyrażał nadzieję, że przeżyty czas będzie źródłem duchowej odnowy i nabrania nadziei na lepsze życie.

Oprócz Misji świętych, prowadził każdego roku wiele serii rekolekcji dla młodzieży i pozostałych Parafian. Rekolekcje i dni skupienia odprawiał z racji przygotowania do świąt Bożego Narodzenia, Zmartwychwstania Pańskiego, ale także z okazji święta Stanisława Kostki, Chrystusa Króla Wszechświata, Matki Bożej Królowej Polski.

Zachęcał wiernych do częstego korzystania z sakramentu pokuty i pojednania. Każdego dnia pełnił dyżur w konfesjonale, dodatkowo popołudniami każdej soboty oraz z rana w niedzielę. Bardzo często zapraszał spowiedników z dekanatu wrzesińskiego.

Inną formą duszpasterstwa, dziś już nie praktykowaną było sumiennie wypełniane przez ks. Szlachtę, Suche Dni i Dni Krzyżowe. Cztery razy w roku zapowiadał i zachęcał Wiernych do udziału w procesjach błagalnych do różnych miejsc w Niechanowie, z racji przypadających Dni Krzyżowych. Procesje odbywały się po Mszy św. i dotyczyły konkretnej intencji. Podczas trwania Dni Suchych, prosił parafian o przestrzeganie postu w środę, piątek i sobotę oraz o to, by podjętemu wyrzeczeniu towarzyszyła zawsze konkretna intencja.

Podejmował także wiele prac remontowych. W 1935 roku pokryto nowymi gontami dach kościoła oraz założono nowe dachówki na plebanii. W kolejnym roku, gruntownej modernizacji zostały poddane organy. Naprawiono mur cmentarny a cmentarz został poddany osuszaniu. Odnowił również zabytkowe ornaty i kielichy. Przeprowadził też remont plebani.

Gdy na horyzoncie zaczęło pojawiać się widmo wojny, zajął się organizacją dla parafian kursów obrony. Na zaproszenie przyjeżdżali wykwalifikowani ludzie, którzy prowadzili ćwiczenia z miejscową społecznością.

Otwarcie piętnował moralne zepsucie niektórych ludzi, którzy zachowywali się w sposób niewłaściwy względem drugich. Gdy po pogrzebie przyłapał młodzież palącą papierosy na cmentarzu, urządził wraz z nimi nabożeństwo ekspiacyjne.

Zdarzyło się, że ktoś podczas pobytu w kościele zgubił pieniądze, które wpadły za ławkę, nie była to żadna duża kwota. W ogłoszeniach kolejnej niedzieli zapowiadał, że osoba, która zgubiła pieniądze ma zgłosić się po ich odbiór na plebanię.

Od 1930 do 1939 roku ks. Szlachta organizował w Niechanowie coroczne rekolekcje zamknięte dla profesorów wyższych uczelni jak i dla intelektualistów katolickich z całej Polski.

Podczas ostatniego spotkania z młodzieżą, 9 lipca 1939 roku, na krótko przed wybuchem wojny, przemówił do nich z bardzo czytelnym i konkretnym apelem mówiąc: „musimy bronić dwóch ideałów – Polski i katolickości, bo znajdujemy się w takim czasie, że Ojczyzna tego potrzebuje”.

Sumiennie wypełniał powierzone obowiązki łącząc je z otrzymaną posługą dziekańską. Pomimo dość poważnych problemów zdrowotnych od lat młodości, nie ustawał w drodze, ani nie rezygnował z żadnych okazji, aby być wśród ludzi i ich prowadzić. W lutym 1940 roku, na krótko przed zesłaniem do obozu, spędził kilka tygodni w szpitalu przechodząc trzykrotną operację żołądka.

Z dniem 23 lipca 1933 roku został mianowany dziekanem dekanatu wrzesińskiego po ustępującym z urzędu ks. Szczęsnym Fierku.

1 listopada 1933 roku został mianowany na pół roku administratorem parafii farnej we Wrześni.

Prymas Hlond mianował go swoim spowiednikiem i kierownikiem duchowym.